로마 제국이 동서로 나뉜 뒤 서쪽 교회는 라틴어를 쓰며 로마 교황을 중심으로, 동쪽 교회는 그리스어를 쓰며 비잔티움 황제와 콘스탄티노폴리스 총대주교를 중심으로 발전했다. 교황의 권위를 어디까지 인정할지, 신경(신앙 고백문)의 표현을 어떻게 할지 등을 두고 수백 년 동안 갈등이 쌓였다.
1054년 교황의 사절과 콘스탄티노폴리스 총대주교가 서로를 파문하면서 분열이 상징적으로 드러났다. 1204년 제4차 십자군이 콘스탄티노폴리스를 약탈하면서 두 교회의 골은 더 깊어졌다. 1965년 두 교회 지도자가 1054년의 상호 파문을 거두었지만, 교회는 지금도 나뉘어 있다.
서쪽의 로마 가톨릭은 서유럽과 중부 유럽에, 동쪽의 정교회는 그리스·발칸반도와 동유럽에 뿌리내렸다. 988년 키이우 루스의 블라디미르 대공이 비잔티움의 신앙을 받아들이면서 정교회는 오늘날의 우크라이나·러시아·벨라루스 지역으로도 퍼졌다.