11세기 중반 중앙아시아에서 온 셀주크 튀르크가 이란과 바그다드를 차지하고 아나톨리아 동부를 위협했다. 1071년 8월 황제 로마노스 4세는 대군을 이끌고 나섰지만, 지금의 튀르키예 동부 만지케르트(말라즈기르트)에서 술탄 알프 아르슬란에게 져 포로가 되었다. 같은 해 남이탈리아의 마지막 거점 바리도 노르만인에게 넘어갔다.
패전 자체보다 그 뒤 비잔티움 귀족들이 황제 자리를 놓고 벌인 내전이 더 큰 피해를 주었다. 그사이 튀르크 유목민들이 아나톨리아 고원으로 대거 들어와 정착했고, 니케아를 수도로 한 룸 술탄국이 세워졌다. 아나톨리아가 ‘튀르키예’로 바뀌어 가는 긴 과정의 시작이었다.
1081년 즉위한 알렉시오스 1세 콤네노스는 나라를 수습하며 서방에 용병을 보내 달라고 요청했다. 교황 우르바노 2세는 1095년 클레르몽에서 성지 회복을 외치며 1차 십자군을 일으켰다. 예상보다 훨씬 많은 십자군이 콘스탄티노폴리스로 몰려왔고, 1097년 니케아를 되찾아 비잔티움에 돌려주었다. 그러나 이후 안티오키아 등을 둘러싸고 양쪽의 불신이 커졌다.