쿠시 왕국의 중심은 점차 남쪽의 메로에로 옮겨 갔고, 기원전 300년 무렵부터는 왕의 무덤도 이곳에 만들었다. 메로에의 왕과 왕비들은 이집트 것보다 작고 가파른 피라미드에 묻혔다. 메로에 일대의 유적은 2011년 유네스코 세계 유산이 되었다.
메로에 주변에는 철광석과 땔감이 풍부해 철 생산의 중심지가 되었고, 지금도 쇠 찌꺼기 더미가 남아 있다. 이들은 독자적인 메로에 문자를 만들었다. 학자들은 이 문자의 소리를 읽을 수는 있지만, 언어 자체는 아직 대부분 해석하지 못했다.
메로에에는 ‘칸다케’라고 불린 강력한 여왕들이 있었다. 기원전 1세기 말 칸다케 아마니레나스는 이집트를 차지한 로마군과 싸웠고, 결국 양측은 협상으로 국경을 정했다. 4세기 무렵 메로에는 쇠퇴했고, 동쪽의 새 강국 악숨이 그 자리를 이어받았다.