12세기 후반 일본 조정은 무사 가문 다이라(헤이시)가 장악했다. 1180년 이에 맞서 미나모토(겐지) 가문이 일어나 5년 동안 전국에서 싸웠다(겐페이 전쟁). 1185년 단노우라 해전에서 다이라 가문이 무너졌다.
승리한 미나모토노 요리토모는 교토의 조정에서 멀리 떨어진 동쪽의 가마쿠라에 근거지를 두고, 1185년 각 지방에 군사·경찰을 맡는 슈고와 땅을 관리하는 지토를 임명할 권리를 얻었다. 1192년에는 쇼군(정이대장군)으로 임명되었다. 이렇게 무사가 실제로 나라를 다스리는 정부를 막부라 한다.
천황과 조정은 교토에 그대로 있었지만 실권은 막부로 넘어갔다. 이후 약 700년 동안(1868년 메이지 유신까지) 일본은 무사 정권이 다스리는 사회가 되었다. 비슷한 시기 고려에서도 무신들이 정권을 잡았다(1170년 무신 정변).