16세기 초 로마 교회는 성당 건축 비용을 마련하려고 죄의 벌을 면해 준다는 면벌부(면죄부)를 팔았다. 1517년 독일 비텐베르크의 신학 교수 마르틴 루터는 이를 비판하는 95개 논제를 발표하고, 구원은 행위가 아니라 믿음으로 얻으며 신앙의 기준은 성경이라고 주장했다. 막 퍼지기 시작한 인쇄술 덕분에 그의 글은 빠르게 퍼졌다.
스위스 제네바의 칼뱅 등도 개혁 운동을 이끌었고, 잉글랜드는 1534년 국왕을 수장으로 하는 독자적 교회를 세웠다. 이렇게 로마 교황에서 떨어져 나온 여러 교회를 개신교(프로테스탄트)라 부른다. 가톨릭교회도 트리엔트 공의회(1545~1563)와 예수회 창설로 스스로를 개혁했다.
신앙의 차이는 정치와 얽혀 오랜 종교 전쟁을 낳았고, 1555년 아우크스부르크 화의와 1648년 베스트팔렌 조약으로 각 나라·영주가 종교를 정하는 원칙이 자리 잡았다. 한국에는 19세기 말 미국 등의 선교사를 통해 개신교가 전해졌다. 같은 시기의 문화적 변화는 ‘르네상스와 종교 개혁’ 주제에서 다룬다.