페르시아의 지배를 받던 그리스 도시들이 반란을 일으키자, 페르시아는 이를 도운 아테네를 응징하러 바다를 건너왔다.
기원전 499년 아나톨리아 서해안의 그리스 도시들(이오니아)이 페르시아에 맞서 반란을 일으켰다. 아테네와 에레트리아가 배를 보내 도왔고, 반란군은 페르시아의 지방 수도 사르디스를 불태웠다. 그러나 기원전 494년 중심 도시 밀레토스가 함락되며 반란은 진압되었다.
다리우스는 기원전 490년 바다를 건너 원정군을 보냈다. 에레트리아를 무너뜨린 페르시아군은 아테네 북동쪽 마라톤 평야에 상륙했다. 아테네는 플라타이아이에서 온 소수의 원군과 함께 약 1만 명의 중무장 보병으로 맞서 싸워 크게 이겼다. 헤로도토스는 페르시아 쪽 전사자가 6,400명, 아테네 쪽은 192명이었다고 적었다.
작은 폴리스가 대제국을 물리친 이 승리는 아테네 민주정의 자신감을 크게 높였다. 승전 소식을 전하려 한 전령이 아테네까지 달려간 뒤 숨졌다는 이야기는 후대에 생긴 전설로 보이지만, 1896년 근대 올림픽의 마라톤 경주는 이 이야기에서 이름을 따왔다.