1231년 몽골군이 처음 고려에 쳐들어왔다. 당시 고려를 다스리던 무신 정권(최씨 정권)은 1232년 수도를 바다로 둘러싸인 강화도로 옮기고 싸움을 이어 갔다. 몽골은 여러 차례 다시 침입해 국토를 짓밟았지만, 처인성에서 승려 김윤후가 이끈 사람들이 몽골 장수 살리타를 죽이는 등 각지에서 백성이 저항했다. 부처의 힘으로 나라를 지키려는 바람을 담아 팔만대장경(1236~1251)도 새겼다.
오랜 전쟁으로 나라가 피폐해지자 고려는 1259년 몽골과 강화했고, 1270년 개경으로 돌아갔다. 이에 반대한 군사 조직 삼별초는 진도와 제주도로 옮겨 가며 1273년까지 싸웠다.
이후 고려는 나라를 유지하되 원의 사위 나라(부마국)가 되어 정치 간섭을 받았다. 왕의 칭호가 낮춰지고, 일본 원정을 위한 기구(정동행성)가 설치되었으며, 철령 이북 땅은 원의 쌍성총관부가 직접 다스렸다. 1356년 공민왕이 반원 개혁으로 쌍성총관부를 되찾으면서 간섭기는 사실상 끝났다. 자세한 이야기는 ‘남북국 시대와 고려’ 주제에서 다룬다.