노부나가의 부하였던 도요토미 히데요시는 1590년 일본 통일을 마무리했다. 그는 농민의 무기를 거두는 칼사냥(1588)으로 무사와 농민의 신분을 나누었고, 명을 정복하겠다며 조선에 길을 빌려 달라고 요구했다.
1592년 4월(양력 5월) 약 15만 명의 일본군이 부산에 상륙해 20일 만에 한양을, 두 달 만에 평양을 점령했다(임진왜란). 그러나 이순신의 수군이 바다에서 보급로를 끊고, 각지에서 의병이 일어났으며, 1593년 1월 명의 원군이 조선군과 함께 평양을 되찾으면서 전세가 바뀌었다. 휴전 협상이 깨지자 1597년 일본은 다시 쳐들어왔다(정유재란).
1598년 히데요시가 죽자 일본군은 철수했고, 이순신은 마지막 노량 해전에서 전사했다. 7년 전쟁으로 조선은 큰 인명·문화재 피해를 입었고, 수많은 도공과 학자가 일본으로 끌려갔다. 명은 막대한 전쟁 비용으로 국력이 기울었고, 그 틈에 만주의 여진족이 성장했다. 일본에서는 도요토미 정권이 약해져 도쿠가와 가문이 떠올랐다. 자세한 전쟁 이야기는 ‘조선 건국과 두 번의 전란’ 주제에서 다룬다.