을사늑약 뒤 최익현·민종식, 평민 출신 신돌석 등이 의병을 일으켰다. 1907년 군대가 해산되자 해산된 군인들이 의병에 합류해 전투력이 크게 높아졌다(정미의병). 1908년 1월 전국의 의병이 모인 13도 창의군은 서울 진공 작전을 벌였지만 동대문 밖에서 일본군에 막혔다.
일본은 1909년 ‘남한 대토벌 작전’으로 전라도 의병을 잔혹하게 진압했다. 살아남은 의병들은 만주와 연해주로 옮겨 가 훗날 독립군의 뿌리가 되었다. 의병 전쟁 기간 수많은 의병이 목숨을 잃었다.
한편 지식인들은 실력을 길러야 나라를 되찾을 수 있다며 애국 계몽 운동을 펼쳤다. 1907년 비밀 결사 신민회(안창호·양기탁 등)는 학교(대성 학교·오산 학교)와 회사를 세우고, 만주에 독립운동 기지를 만들 준비를 했다. 같은 해 대구에서 시작된 국채 보상 운동은 일본에 진 나랏빚 1,300만 원을 국민이 모은 돈으로 갚자는 운동으로, 전국에 퍼졌지만 일제의 방해로 중단되었다.