1866년 초 대원군은 천주교를 크게 탄압해 프랑스 신부 9명과 수많은 신자를 처형했다(병인박해). 같은 해 여름에는 미국 상선 제너럴셔먼호가 대동강을 거슬러 평양까지 와서 통상을 요구하다 충돌 끝에 불탔다.
그해 가을 프랑스 함대가 신부 처형에 대한 책임을 묻는다며 강화도를 점령했다(병인양요). 조선군은 문수산성과 정족산성에서 맞서 싸웠고(양헌수의 정족산성 승리), 프랑스군은 한 달여 만에 물러나면서 외규장각의 의궤 등 귀중한 책을 약탈해 갔다. 이 의궤는 2011년에야 대여 형식으로 돌아왔다.
1871년에는 미국 함대가 제너럴셔먼호 사건을 구실로 강화도를 공격했다(신미양요). 광성보 전투에서 어재연 등 조선군이 크게 희생되었지만, 조선이 협상에 응하지 않자 미군도 물러났다. 대원군은 전국에 척화비를 세워 서양과의 화친을 거부한다는 뜻을 분명히 했다.