만주의 독립군은 일본 정규군을 크게 무찔렀다. 일본군은 그 보복으로 간도의 한인 마을을 짓밟았다.
3·1 운동 뒤 만주에는 여러 독립군 부대가 만들어져 국경을 넘어 일본군을 공격했다. 1920년 6월 홍범도가 이끄는 대한 독립군 등 연합 부대는 북간도 봉오동 골짜기로 일본군을 끌어들여 큰 승리를 거두었다.
일본은 대군을 만주에 보냈다. 1920년 10월 김좌진의 북로 군정서군과 홍범도 부대 등은 화룡현 청산리 일대 백운평·완루구·어랑촌 등에서 약 일주일 동안 10여 차례 싸워 일본군을 크게 물리쳤다. 이를 청산리 대첩이라 부른다.
패배한 일본군은 독립군의 근거지를 없앤다며 간도의 한인 마을을 습격해 주민을 학살하고 집과 학교, 교회를 불태웠다(간도 참변, 경신참변). 1920년 10~11월 한 달도 안 되는 사이에만 3,400명 넘게 희생된 것으로 집계되며, 실제 희생은 훨씬 많았을 것으로 본다. 독립군은 러시아 쪽으로 옮겨 갔지만, 1921년 자유시에서 내부 갈등과 러시아 적군의 무장 해제 과정에서 큰 피해를 입었다.