17세기부터 연행사를 통해 서양 학문과 천주교 교리를 담은 책이 들어왔다. 이를 서학(西學)이라 한다. 처음엔 학문으로 읽혔지만, 18세기 후반 일부 남인 학자들은 이를 신앙으로 받아들였다. 1784년 이승훈이 베이징에서 세례를 받고 돌아오면서 조선 사람들 스스로 신앙 공동체를 만들었다.
천주교는 신분 차별 없이 모두가 하느님 앞에 평등하다고 가르쳤고, 제사를 금했다. 1791년 전라도 진산에서 어머니의 신주를 불태운 일이 알려지면서 처형이 이루어졌다(신해박해). 조정은 제사를 거부하는 것을 유교 질서에 대한 도전으로 보았다.
정조가 죽은 뒤인 1801년 대대적인 탄압인 신유박해가 일어났다. 이승훈·정약종과 중국인 주문모 신부 등 100명 넘게 처형되고 많은 사람이 유배되었으며, 정약용·정약전 형제도 이때 유배되었다. 이 박해는 남인 세력을 몰아내려는 정치적 목적도 함께 있었다는 것이 학계의 일반적인 견해다. 이후에도 1839년, 1846년(김대건 신부 순교), 1866년 등 박해가 이어졌다.