태조가 막내아들을 세자로 삼자, 건국에 공이 컸던 다섯째 아들 이방원은 1398년 군사를 일으켜 정도전과 세자를 제거했다(제1차 왕자의 난). 1400년 형 방간과의 싸움(제2차 왕자의 난)에서도 이긴 이방원은 그해 왕위에 올랐다.
태종은 공신과 왕족이 거느린 사병을 없애 군대를 나라에 속하게 했다. 6조(나랏일을 나눠 맡은 여섯 관청)가 재상을 거치지 않고 왕에게 직접 보고하는 6조 직계제를 실시해 왕이 정치를 직접 이끌었다.
또 16세 이상 남자에게 신분증인 호패를 차게 해(1413) 인구를 파악하고 세금과 군역을 고르게 매겼다. 억울한 일을 호소하도록 대궐에 신문고를 달기도 했다. 태종이 다져 놓은 안정 위에서 아들 세종의 시대가 꽃필 수 있었다.