1644년 청은 이자성의 반란으로 무너진 명을 대신해 베이징에 들어가 중국 전체의 주인이 되었다. 심양에서 8년 가까이 인질로 지낸 봉림대군은 1645년 돌아왔고, 형 소현세자가 갑자기 세상을 떠난 뒤 세자가 되어 1649년 왕위에 올랐다(효종).
효종은 병자호란의 치욕을 갚고자 청을 정벌하자는 북벌론을 내세웠다. 송시열 등 서인 학자들의 지지를 받으며 수도 방어 부대인 어영청을 늘리고, 성을 고치고 무기를 정비했다. 그러나 청은 날로 강해졌고, 전쟁의 상처가 남은 조선이 실제로 군대를 일으키기는 어려웠다.
역설적으로 효종 때 조선의 조총 부대는 청의 요청으로 두 차례(1654·1658) 만주 북쪽 흑룡강 일대에 가서 남하하던 러시아군과 싸웠다(나선 정벌). 1659년 효종이 세상을 떠나며 북벌 준비는 흐지부지되었다. 다만 명을 높이고 청을 낮춰 보는 생각은 오래 남았고, 18세기에는 청의 앞선 문물을 배우자는 북학론이 새로 등장했다.