친명배금 정책에 반발한 후금은 1627년 조선을 침략했다(정묘호란). 인조는 강화도로 피했고, 곳곳에서 의병이 일어났다. 후금은 명과의 싸움이 급해 조선과 형제 관계를 맺는 선에서 물러갔다.
1636년 후금의 홍타이지(청 태종)는 나라 이름을 청으로 바꾸고 황제를 칭하며, 조선에 임금과 신하의 관계를 요구했다. 조선 조정은 끝까지 싸우자는 척화론(김상헌 등)과 일단 화의를 맺자는 주화론(최명길 등)으로 갈렸고, 결국 요구를 거절했다. 1636년 12월 청 태종이 직접 대군을 이끌고 쳐들어와 빠르게 한양으로 내려왔다(병자호란).
강화도로 가는 길이 막힌 인조는 남한산성으로 들어가 40여 일을 버텼다. 그러나 추위와 식량 부족에 강화도마저 함락되자, 1637년 1월 30일 성을 나와 삼전도(지금의 서울 송파)에서 청 태종에게 항복의 예를 올렸다. 소현세자와 봉림대군, 척화를 주장한 신하들이 인질로 심양에 끌려갔고, 수많은 백성이 포로로 잡혀갔다(규모는 수만~수십만 명으로 추정이 엇갈린다).