남아프리카 내륙에는 네덜란드계 백인 이주민의 후손인 보어인(아프리카너)이 세운 트란스발과 오렌지 자유국이 있었다. 1867년 킴벌리에서 다이아몬드가, 1886년 트란스발의 비트바테르스란트에서 막대한 금이 발견되자 영국은 이 지역을 손에 넣으려 했고, 1899년 10월 전쟁이 시작되었다.
초기에 보어군은 영국군의 거점들을 포위하며 선전했지만, 대군을 보낸 영국이 1900년 두 공화국의 수도를 점령했다. 보어인이 게릴라전으로 맞서자 키치너는 농장을 불태우는 초토화 작전을 펴고 민간인을 강제 수용소에 가두었다. 비위생적인 수용소에서 보어인 여성과 어린이 2만 명 이상이, 따로 수용된 흑인도 최소 1만 수천 명이 숨진 것으로 추정된다. 영국인 활동가 에밀리 홉하우스가 이 참상을 알렸다.
1902년 보어인은 항복했고, 1910년 영국의 자치령 남아프리카 연방이 세워졌다. 그러나 새 나라는 백인끼리의 화해 위에 세워졌고, 인구의 다수인 흑인은 투표권과 토지를 빼앗겼다. 이는 훗날 인종 분리 정책(아파르트헤이트)으로 이어진다.