막부는 기독교가 신분 질서와 쇼군의 권위를 흔든다고 보고 1614년 금교령을 내렸다. 1637년 규슈의 시마바라에서 기독교도 농민들이 봉기하자 이를 진압한 뒤, 1639년 포르투갈 배의 입항을 금지했다. 1641년 네덜란드 상관은 나가사키 앞바다의 작은 인공 섬 데지마로 옮겨졌다. 이런 정책을 훗날 ‘쇄국’이라 불렀지만, 이 말은 1801년에야 만들어졌다.
실제로 일본은 네 곳의 창구를 열어 두었다. 나가사키에서는 네덜란드·중국 상인과, 쓰시마를 통해서는 조선과, 사쓰마를 통해서는 류큐와, 마쓰마에를 통해서는 북쪽의 아이누와 교역했다. 데지마로 들어온 네덜란드 책은 서양 학문을 배우는 난학을 낳았다.
조선은 1607년부터 1811년까지 12차례 통신사를 에도에 보냈다. 수백 명의 사절단이 지나는 길마다 일본 학자와 문인들이 몰려와 글과 그림을 청했다. 오키나와의 류큐 왕국은 명·청에 조공하면서도 1609년 사쓰마의 침공 이후 그 지배를 함께 받는 이중의 처지에 놓였다.