1896년 2월 11일 고종과 왕세자는 몰래 경복궁을 나와 러시아 공사관으로 옮겼다(아관파천). 고종은 이곳에서 약 1년을 머물렀다. 친일 내각은 무너졌지만, 러시아를 비롯한 열강이 광산·철도·삼림 같은 이권을 앞다투어 가져갔다.
같은 해 미국에서 돌아온 서재필은 순 한글 신문인 『독립신문』(1896.4.7)을 펴냈고, 개혁적인 관료·지식인과 함께 독립협회를 세웠다. 독립협회는 청 사신을 맞던 영은문 자리에 독립문을 세웠다.
1898년 독립협회는 서울 종로에서 누구나 참여해 연설하는 만민 공동회를 열어 러시아의 이권 요구를 비판했고, 관리들까지 함께한 관민 공동회에서는 의회를 만들자는 개혁안(헌의 6조)을 올렸다. 그러나 황제권이 약해질 것을 걱정한 정부는 1898년 말 독립협회를 강제로 해산했다.