후마윤이 갑자기 죽자 열세 살의 악바르(재위 1556~1605)가 즉위했다. 1556년 제2차 파니파트 전투에서 승리해 델리를 지켜 낸 그는 이후 라자스탄, 구자라트, 벵골, 카슈미르 등을 차지해 북인도 대부분을 통일했다. 관리에게 계급(만사브)에 따라 병력과 봉급을 정해 주는 만사브다르 제도로 넓은 영토를 다스렸다.
무굴 지배층은 무슬림이었지만 백성 대다수는 힌두교도였다. 악바르는 힌두 라지푸트 왕가와 혼인과 동맹을 맺어 이들을 장군·관리로 등용했고, 1564년에는 비무슬림에게 걷던 인두세(지즈야)를 없앴다. 수도로 새로 지은 파테푸르 시크리에는 1575년 ‘예배의 집’(이바다트 하나)을 세워 이슬람 여러 학파와 힌두교, 자이나교, 조로아스터교, 예수회 선교사까지 불러 토론하게 했다.
그는 서로 다른 종교 사이의 조화를 뜻하는 ‘술히 쿨(모두와의 평화)’을 통치 원칙으로 삼았다. 그가 만든 궁정 신앙 모임(딘 이 일라히)이 새 종교였는지, 소수 측근의 충성 서약에 가까웠는지는 학자들 사이에 견해가 갈린다. 아들 자한기르도 대체로 이 정책을 이어 갔다.