아우랑제브(재위 1658~1707)는 인도 남부 데칸고원의 이슬람 왕국들을 공격해 1686년 비자푸르, 1687년 골콘다를 무너뜨렸다. 이로써 무굴 제국은 인도 아대륙 대부분을 다스리는 가장 넓은 영토를 갖게 되었다.
그는 이슬람 법을 엄격히 따르는 통치를 내세워 1679년 비무슬림에게 지즈야를 다시 부과하고, 일부 힌두 사원을 허물었다. 한편 힌두 관리 수는 그의 시대에도 많았다. 그래서 그를 종교적으로 편협한 군주로 보는 시각과, 정치적 필요에 따라 움직인 현실주의자로 보는 시각이 학계에서 함께 논의된다.
데칸에서는 시바지가 이끄는 힌두 마라타 세력이 게릴라전으로 맞섰고, 북쪽에서는 시크교도와 라지푸트, 자트 농민들이 반발했다. 아우랑제브는 인생의 마지막 26년 가까이를 데칸 전쟁터에서 보내다 1707년 숨졌다. 전쟁 비용과 지방 세력의 성장으로 제국은 그 뒤 빠르게 쪼개지기 시작했다.