개항 뒤 물가가 오르고 외국에 굴복했다는 비판이 커지자, ‘천황을 받들고 오랑캐를 물리치자’(존왕양이)는 운동이 일어났다. 그러나 사쓰마와 조슈는 영국 함대와 서양 연합 함대에 패한 뒤, 외국을 쫓아내기보다 서양을 배워 강해져야 한다고 생각을 바꾸었다.
1866년 두 번은 손잡고 막부 타도에 나섰다. 1867년 마지막 쇼군 도쿠가와 요시노부는 정권을 천황에게 돌려주었고, 1868년 1월 3일 교토에서 일어난 정변으로 천황 친정이 선포되었다. 이어진 보신 전쟁에서 신정부군이 막부 세력을 물리쳤다.
열다섯 살의 메이지 천황을 앞세운 새 정부는 수도를 에도로 옮겨 도쿄라 고쳐 부르고, 1868년 5개조 서약문으로 널리 의견을 모으고 세계에서 지식을 구하겠다고 밝혔다. 이 변화를 메이지 유신이라 하며, 일본 근대화의 출발점으로 본다.