9세기 무렵 남부 저지대의 마야 도시들이 하나둘 비어 갔다. 하지만 마야 사람들이 사라진 것은 아니었다.
8세기 말부터 남부 저지대의 도시들에서 새 석비가 세워지지 않기 시작했다. 장기 달력으로 날짜를 새긴 마지막 석비는 909년의 것이다. 티칼을 비롯한 큰 도시들은 10세기 무렵 대부분 버려졌다.
원인은 하나가 아니었던 것으로 본다. 호수 바닥의 퇴적물을 분석하면 이 시기 심한 가뭄이 여러 차례 있었다. 여기에 인구 증가로 인한 숲 파괴와 땅의 피로, 도시 사이의 잦은 전쟁, 왕의 권위 약화가 겹쳤다는 설명이 유력하다.
남쪽이 쇠퇴하는 동안 북쪽 유카탄반도의 치첸이트사, 뒤이어 마야판 같은 도시는 번성했다. 스페인 사람들이 왔을 때도 마야 왕국들이 있었고, 오늘날에도 수백만 명의 마야 사람이 마야어를 쓰며 살고 있다. ‘마야 문명의 붕괴’는 사람의 소멸이 아니라 정치 체제의 변화였다.