알렉산드로스는 헬레스폰토스 해협을 건너 전설의 트로이 유적을 먼저 찾았다. 기원전 334년 5월 그라니코스강에서 페르시아 지방 총독들의 군대를 무찌르고, 사르디스·에페소스 등 아나톨리아 서쪽의 그리스 도시들을 차지했다. 고르디온에서 ‘매듭을 푸는 자가 아시아를 지배한다’는 매듭을 칼로 잘랐다는 이야기는 유명하지만 후대 기록에 전하는 일화다.
기원전 333년 11월, 페르시아 왕 다리우스 3세가 직접 대군을 이끌고 나타났다. 바다와 산 사이 좁은 평야인 이소스에서 알렉산드로스는 기병을 이끌고 다리우스가 있는 중앙을 곧바로 공격했고, 다리우스는 달아났다. 다리우스의 어머니·아내·딸들이 포로가 되었는데, 알렉산드로스는 이들을 정중하게 대했다고 전한다.
다리우스는 영토 일부를 넘겨주겠다며 평화를 제안했지만 알렉산드로스는 거절했다. 그는 곧장 페르시아 깊숙이 들어가지 않고, 페르시아 함대의 기지인 지중해 동쪽 해안을 먼저 차지하기로 했다.